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Begriffe werden in Thesauri durch bestimmte → Relationen miteinander verbunden, sodass ein Begriffsnetz entsteht. Die verschiedenen Vokabularelemente haben jeweils spezifische Relationstypen.
Die hierarchischen und die assoziativen Begriffsbeziehungen sind die "klassischen" Begriffsbeziehungen in Thesauri.
Die hierarchische Struktur des Thesaurus entsteht durch die →Hierarchierelationen. Diese Beziehungen der Über- und Unterordnung zwischen Begriffen können in Thesauri differenziert werden in
Eine „Sicht zur Seite” ermöglichen die verwandten Begriffe, die durch →Assoziationsrelationen miteinander verbunden sind.
Die systematische Struktur des Thesaurus wird durch Zuordnung von Begriffen zu →Begriffsgruppen gebildet.
Die Vokabularelemente →Node Label, →Hierarchieelement und →Facette werden in xTree und vocnet als →Strukturelemente bezeichnet. Sie werden nicht zur Indexierung verwendet, sondern dienen ausschließlich der Strukturierung des Vokabulars.
Darüber hinaus können Begriffe auch →Kategorien zugeordnet werden. Die Kategorien entsprechen den Begriffsgruppen in Thesaurus-Standards und werden je nach Anwendung als Themen, Sachgruppen, Systematik oder auch Fachgebiete bezeichnet. Häufig werden Thesauri außerdem durch →Facetten strukturiert.