Kontrollierte Vokabulare unterscheiden sich voneinander nicht nur durch den Begriffsvorrat, sondern (sofern vorhanden) auch durch das Geflecht (den "Graphen") der semantischen Beziehungen. Dies kann sowohl die Stellung eines Begriffs in einer Hierarchie, wie auch seine assoziativen Verknüpfungen betreffen.
Das folgende Beispiel illustriert einige der beim Zusammenführen (Merging) von Beziehungsgraphen zu erwartenden Probleme:
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